XLR250 Baja был выпущен в декабре 1987 года как модель, основанная на модели XLR250R, дебютировавшей в 1986 году, с двойными фарами большого диаметра и дисковыми тормозами на задних колесах. Четырехтактный одноцилиндровый двигатель с воздушным охлаждением и рабочим объемом 249 куб. см также был оснащен масляным радиатором. BAJA возникла на полуострове Нижняя Калифорния в Соединенных Штатах, где проводится одна из самых сложных гонок по бездорожью в мире - Baja 1000 Mile Race. Модель 1991 года претерпела изменения в ходовой части и производилась до модели 1994 года, которую позже заменил XR250 Baja. * Официальное название модели Honda было «XLR BAJA», но в этом разделе добавлено число 250, чтобы упростить сравнение с базовой моделью.
Оснащенный 4-тактным одноцилиндровым двигателем объемом 250 куб.см с воздушным охлаждением, унаследованным от XLR250R, он теперь доступен в виде модели, оснащенной специальными сдвоенными фарами высокой интенсивности, защитой пальцев и большим багажником.